Na krásné salvátorské barokní varhany hrála řada jezuitských skladatelů a mimo jiné také Jan Dismas Zelenka, který v Klementinu studoval, či Jakub Jan Ryba. Díky nedávné rekonstrukci můžeme obdivovat zvuk varhan v původní, barokní podobě.
Na staletou klementinskou hudební tradici navazují klasické koncerty v kostele Nejsv. Salvátora. I dnes zde můžete vyslechnout působivou varhanní hudbu v podání salvátorského regenschoriho Roberta Huga v kombinaci se zpěvem sólistů opery Národního divadla a dalšími nástroji. Umění vynikajících pěvců a instrumentalistů Vám zaručí krásný a povznášející zážitek.
Při kostele Nejsvětějšího Salvátora působí Římskokatolická akademická farnost. Primárně slouží pastoraci studentů, učitelů a zaměstnanců pražských vysokých škol, ale je k dispozici všem, kdo zde hledají duchovní domov.