Vzácné barokní varhany v kostele sv. Františka z Assisi vytvoři mistr varhanář Abraham Starck v roce 1702. Jedná se o druhé nejstarší pražské varhany; na tento nástroj s oblibou hrály takové osobnosti jako Josef Seger, který byl přímo zde varhaníkem, Wolfgang Amadeus Mozart či Antonín Dvořák.
Na hudební tradici u sv. Františka dnes navazují komorní varhanní koncerty. Skladby světových i českých mistrů barokní a klasické hudby využívají bohatý zvuk varhan a kombinace se sólovými nástroji či zpěvem. Na koncertech účinkují sólisté českých operních scén a orchestrů, pedagogové Akademie múzických umění i Pražské konzervatoře.