Interiér kláštera ukrývá mimořádně cenné gotické fresky, a také vzácnou výzdobu Beuronské umělecké školy z 19. století (na pozvání kardinála Schwarzenberga sem přesídlili němečtí benediktini z Beuronu). Barokní refektář Emauzského kláštera je krásným místem pro koncerty malých i větších hudebních těles a sborů. Výborná akustika, pohodlné sezení a vznešené prostředí kláštera přímo vybízí k souznění s hudbou.
Při slavnostním vysvěcení klášterního kostela na velikonoční pondělí 29. března 1372 se četlo evangelium o setkání Krista s učedníky v Emauzích, proto se tak klášteru začalo říkat.
Původní věže a část kostela byly zničeny v roce 1945 při bombardování Prahy spojenci. V 60. letech architekt František Maria Černý navrhnul zcela originální, odvážné betonové věže se zlacenými špicemi.
